蛋白质结构比较是计算生物学中最重要的问题之一,并且在蛋白质结构预测中发挥着重要作用.本文提出一种基于形状分布的蛋白质三维结构相似性比较方法,进行两种蛋白质三维结构的一致性比较.该方法完全不依赖于序列信息.对PDB蛋白质数据验证的结果表明,本文所使用的方法可以作为任意结构的蛋白质相似性比较的有效辅助手段.对不具备序列相似性的蛋白质分子之间的相似性比较具有现实意义.