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VFA:一种可视化代谢网络建模工具

VFA:a visual tool for metabolic network modeling

作者: 李毅;郑浩然;钮俊清;李恒;周宏 
单位:中国科学技术大学计算机科学与技术系,合肥,230027
关键词: 代谢网络%代谢通量%可视化建模%模型描述 
分类号:
出版年·卷·期(页码):2008·27·5(490-493)
摘要:

数学建模是代谢工程研究的关键方法 之一.目前的代谢网络建模工具在构建代谢通量分析模型时,不能同时建立通量平衡分析(FBA)模型和<'13>C代谢通量分析(<'13>C-MFA)模型,而且大都采用私有格式描述代谢模型,不利于信息共享.为了解决上述问题,作者基于Cytoscape插件开发了一种可视化代谢通量建模工具VFA,它摆脱了繁琐、易出错的文本建模方式,提供友好的图形化用户界面、方便的可视化建模功能,并能够同时对代谢网络进行FBA和<'13>C-MFA建模.VFA的代谢模型描述格式扩展自系统生物学标记语言(SBML),且与后者完全兼容,有利于平台间的模型交换和共享.

参考文献:

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