北京生物医学工程

蛋白质家族模体(motif)的评价策略

A New Strategy to Evaluate Protein Motifs

作者：杜春娟;朱云平;贺福初;曾衍钧

单位：北京工业大学生命科学与生物工程学院,北京,100022;军事医学科学院北京放射医学研究所,北京,100850%军事医学科学院北京放射医学研究所,北京,100850%北京工业大学生命科学与生物工程学院,北京,100022

关键词：模体 MEME HMMER 接收机操作特性曲线

分类号：

出版年·卷·期（页码）：2005·24·2（97-102）

摘要：

模体是刻画蛋白质家族组成结构和执行功能的重要部分,但是对于通过各种生物信息学方法识别出的模体,目前没有很好的办法辨别真假和优劣.文中提出一种新的模体评价策略,从分类器的观点出发,对不同方法在同一个蛋白质家族上建立的不同模体进行比较,从而推断出最具有生物意义的模体.本文在PROSITE数据库中选取7个细胞因子家族,采用MEME和HMMER两种模体识别方法分别识别每个家族的模体,将每个模体看作一个分类器,通过计算同一家族的每个模体的敏感性和特异性并比较它们对应的接收机操作特性曲线,进而比较不同模体,确定真的模体和排除假的模体,从而获得每个蛋白质家族的最佳模体的模型.这种策略可以应用于对任意蛋白质家族模体识别结果的评价.此外,还可以利用最佳模体搜索数据库的结果预测每个家族的新成员.

参考文献：

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