北京生物医学工程

单核苷酸多态性JSON文件的转换

JSON file conversion for single nucleotide polymorphisms

作者：王潘章

单位：上海交通大学附属第六人民医院（上海200233）

分类号：R318;TP39

出版年·卷·期（页码）：2016·35·3（294-296）

摘要：

目的对SNP原始文本格式转换成规范JSON格式，便于计算机软件分析人类的基因。方法利用Node.js流函数pipe对庞大的SNP原始文本文件进行分段读取进内存并转换成规范的JSON格式，最后分段地写入到一个最终结果文件中去。结果针对不同基因测序厂商提供的检测结果，提供了一种相对规范的JSON格式，开发出了转换工具包。结论采用JSON文件格式可以较好、较简单地对多厂商的SNP原始文本文件进行规范的表达，使用Node.js开发的转换工具效率较高。

Objective To format SNP raw text data to standard JSON file in order to help DNA analysis. Methods We utilize Node.js streaming method pipe to process large SNP raw text data and read them into memory segmentally and translate into standard JSON file,and then write into a final result file. Results This method provides a standard JSON format for different SNP vendor and implements a utility to simplify the transformation. Conclusions JSON file is a better and simpler format to interpret different SNP vendor raw text data,and Node.js provides an efficient way to make the transformation.

参考文献：

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